Vốn là đội trẻ của Hà Nội T&T (tiền thân của CLB Hà Nội ngày nay), Sài Gòn FC chỉ chính thức chuyển khẩu vào TP.HCM và đổi tên kể từ sau vòng 4 V.League 2016. Không phải đứa con cưng của đất Thủ đô, đội bóng của chủ tịch Nguyễn Giang Đông khi đó chọn mảnh đất phía Nam đầy màu mỡ để phát triển. Tuy nhiên, họ dường như chưa bao giờ có được sự thừa nhận đúng nghĩa.

Năm 2016, Sở Văn hóa & Thể thao TP.HCM đặt phương châm ủng hộ việc thành phố có một đội bóng chơi ở hạng cao nhất bóng đá Việt Nam. Thời gian đầu, Sài Gòn FC cũng phần nào nhận được sự quan tâm của người hâm mộ địa phương. Nhưng rồi thân thế "không chính gốc", tin đồn về "1 ông bầu nhiều đội bóng" cùng với sự xuất hiện của CLB TP.HCM đã khiến đoàn quân của bầu Đông bị ghẻ lạnh.

Bất chấp thành tích tại mùa giải V.League 2017 tốt hơn hẳn so với CLB TP.HCM, Sài Gòn FC vẫn không nhận được nhiều tình cảm, sự quan tâm bằng đội bóng cùng thành phố. Vấn đề là CLB TP. HCM có gốc gác từ thương hiệu Cảng Sài Gòn danh tiếng, còn Sài Gòn FC vẫn là một đội bóng chuyển hộ khẩu từ Hà Nội. Do đó, họ quyết định làm mới đội bóng, cố gắng xây dựng bản sắc như một đội bóng phía Nam.

Một cuộc cải tổ mạnh mẽ được diễn ra từ hàng ngũ lãnh đạo đến băng ghế huấn luyện. Chủ tịch Nguyễn Giang Đông từ chức, "siêu cò" Trần Tiến Đại - một người gốc Sài Gòn lên thay. Băng ghế huấn luyện cũng được làm mới bằng HLV trẻ tuổi Phan Văn Tài Em. Sài Gòn FC muốn hướng đến chất Nam bộ để hợp thị hiếu người dân địa phương.

Tuy nhiên, V.League 2018, đội có thành tích thi đấu tụt giảm. Từ một đội Top 5 ở mùa 2017, Sài Gòn đứng cuối bảng xếp hạng sau 16 vòng đấu mùa giải sau đó. HLV Phan Văn Tài Em rời băng ghế huấn luyện nhường chỗ cho HLV phó Nguyễn Thành Công. Chủ tịch Trần Tiến Đại cũng "cáo bệnh rút lui" và ông Dương Nghiệp Khôi lên thay. Cuối mùa 2018, đội vươn lên vị trí thứ 8 một cách thần kỳ.

Ekip này tiếp tục làm nên thành công cho Sài Gòn FC ở mùa giải 2019. Dù không có ngôi sao trong đội hình nhưng với lối chơi tập thể đầy gắn kết, đoàn quân của HLV Nguyễn Thành Công đã cán đích trong Top 5 V.League. Song, đây cũng là mùa giải CLB TP.HCM "hóa rồng" từ đội trụ hạng vươn lên thành Á quân giải đấu. Và bài toán đi tìm tình yêu từ người thành phố càng thêm khó...

Trước thềm V.League 2020, những biến động với Sài Gòn FC tiếp tục xảy ra. Chủ tịch Dương Nghiệp Khôi được đưa ra Hà Nội phụ trách công tác đào tạo trẻ của T&T. HLV Hoàng Văn Phúc, người từng dẫn dắt “người anh em” Quảng Nam của CLB Hà Nội, được đưa vào nắm ghế HLV trưởng đội bóng. Giới bóng đá thêm một dịp bàn tán về cuộc “luân chuyển cán bộ” giữa các đội bóng có những mối liên quan chung.

Sài Gòn FC cũng được thông báo rơi khỏi vòng ảnh hưởng của bầu Hiển, chuyển sang tay bộ đôi đại gia phía Nam. Hai doanh nghiệp lớn của TP.HCM đã mua lại quyền sở hữu đội bóng, xem như "cắt đứt" gốc gác với những nhà tài trợ Thủ đô. Bộ máy lãnh đạo cũng được "thay máu". Người nắm ghế Chủ tịch Sài Gòn FC lúc này là ông Vũ Tiến Thành, một cái tên không xa lạ với giới bóng đá.

Ông Thành, một người có nhiều bằng cấp, từng làm trợ lý ngôn ngữ cho nhiều đời HLV ngoại ở Việt Nam nhưng nổi tiếng nhất khi liên quan tới vụ án dàn xếp tỉ số năm 2005 liên quán tới Ngân hàng Đông Á. Kết cục của nó là bản án 15 tháng tù “treo” với vị cựu trợ lý ngôn ngữ.

Cùng với ông Vũ Tiến Thành, các buổi tập đầu mùa giải của Sài Gòn FC cũng xuất hiện thêm những gương mặt quen trong giới bóng đá: doanh nhân Trần Song Hải, người trước đây vẫn đăng những dòng “tút” liên quan đến bầu Hiển và một cựu nhà báo thể thao tham gia rất sâu vào cuộc đấu đá trước thềm đại hội 8 VFF. Ông Trần Song Hải cũng được biết tới như một CĐV nhiệt thành của bóng đá Việt Nam, dù lâu vài năm nay, lâu lâu mới thấy xuất hiện trên khán đài bóng đá.

Nhưng chỉ sau vòng đấu đầu tiên hoà SLNA 0-0 trên sân Thống Nhất, HLV Hoàng Văn Phúc nói lời chia tay vì bất đồng với ban lãnh đạo mới. Chủ tịch Vũ Tiến Thành lúc này kiêm cả chiếc ghế ông Phúc để lại. Sự ra đi của HLV Hoàng Văn Phúc đánh dấu những biến động của Sài Gòn FC.